აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ისტორია რვა ათწლეულის წინათ დაიწყო და, ამჟამად, იგი საქართველოში შესანიშნავი ტრადიციებით გამორჩეული უმაღლესი სასწავლებელია, რომელმაც ღირსეული ადგილი დაიმკვიდრა ქართველი ერის კულტურულ-ინტელექტუალური და ზნეობრივი აღზრდის საქმეში. კადრების მომზადების, სამეცნიერო პოტენციალის მაღალი დონისა და მოწინავე ქვეყნების სამეცნიერო სასწავლებლებთან დამყარებული ფართო კავშირების შედეგად უნივერსიტეტმა საყოველთაო აღიარება მოიპოვა.
ქუთაისის აკაკი წერეთლის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტი, ფაქტობრივად, თბილისის ივანე ჯავახიშვილის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტის წიაღში ჩამოყალიბდა. 1930 წლის ივლისში ხელისუფლებამ თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტი გააუქმა და მის ბაზაზე ოთხი დამოუკიდებელი უმაღლესი სასწავლებელი შექმნა. ერთ-ერთი მათგანი იყო სახელმწიფო პედაგოგიური ინსტიტუტი, რომელიც, ამ დროიდან მოყოლებული, 1933 წლამდე, თბილისში ფუნქციონირებდა. 1933 წელს ხსენებულმა ინსტიტუტმა ამავე წლის 13 თებერვლიდან ქუთაისში განაგრძო ფუნქციონირება. 1933-1990 წლებში სასწავლებელი ალექსანდრე წულუკიძის სახელობის სახელმწიფო პედაგოგიური ინსტიტუტის სტატუსით არსებობდა.
1990 წელს უმაღლესი სასწავლებელი ქუთაისის აკაკი წერეთლის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტად გარდაიქმნა, რაც ლოგიკური დაგვირგვინება იყო იმ დიდი საქმიანობისა, რომელსაც ინსტიტუტი წარმატებით ეწეოდა მისი არსებობის თითქმის ექვსი ათწლეულის განმავლობაში.
საქართველოს მთავრობის 2006 წლის 23 თებერვლის №39 დადგენილების თანახმად განხორციელდა საჯარო სამართლის იურიდიული პირების - ქუთაისის აკაკი წერეთლის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტისა და ქუთაისის ნ. მუსხელიშვილის სახელობის სახელმწიფო ტექნიკური უნივერსიტეტის რეორგანიზაცია მათი გაერთიანების გზით. საგანმანათლებლო დაწესებულებას სტატუსად განესაზღვრა უნივერსიტეტი და ეწოდა აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივერსიტეტი.
ქუთაისის ნ. მუსხელიშვილის სახელობის პოლიტექნიკურ ინსტიტუტს ოფიციალური სტატუსი 1973 წლის 23 სექტემბერს მიენიჭა და იგი საზეიმოდ 1974 წლის 1 სექტემბერს გაიხსნა. სასწავლებელს 1977 წელს აკადემიკოს ნიკო მუსხელიშვილის სახელი მიენიჭა. 1992 წლის 21 სექტემბერს ქუთაისის ნ.მუსხელიშვილის სახელობის პოლიტექნიკურ ინსტიტუტს უნივერსიტეტის სტატუსი მიენიჭა და იგი ქუთაისის ნიკო მუსხელიშვილის სახელობის სახელმწიფო ტექნიკურ უნივერსიტეტად იწოდებოდა.
საქართველოს მთავრობის 2010 წლის 16 ნოემბრის № 353 დადგენილებით, საჯარო სამართლის იურიდიული პირი - სუბტროპიკული მეურნეობის სოხუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტი მიუერთდა აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივერსიტეტს.
დასავლეთ საქართველოს სუბტროპიკული სოფლის მეურნეობის მომსახურების მოტივით 1952 წელს მის ისტორიულ, გეოგრაფიულ და ეკონომიკურ ცენტრში ქუთაისში გაიხსნა სასოფლო სამეურნეო ინსტიტუტი. 1959 წელს იგი გადატანილ იქნა სოხუმში (აფხაზეთი) - ტიპიურ სუბტროპიკულ ზონაში- და ეწოდა საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის ინსტიტუტი.
მეოცე საუკუნის 90-იან წლებში, აფხაზეთში განვითარებული მოვლენების გამო, ინსტიტუტი ლტოლვილის სტატუსით კვლავ ქუთაისში აღმოჩნდა. პროფ. ვ. ფრუიძის ხელმძღვანელობით ინსტიტუტში აღდგა სასწავლო პროცესი, რაშიც, ქალაქის ხელმძღვანელობასთან ერთად, დიდი წვლილი მიუძღვის აკაკი წერეთლის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტს და ქალაქის წარმოება-დაწესებულებებს.