კლინიკური მედიცინის დეპარტამენტი ფაკულტეტის არსებობის დღიდან ემსახურება უმაღლესი სამედიცინო საგანმანათლებლო პროგრამების აკადემიურ უზრუნველყოფას.
დეპარტამენტის კოორდინატორია მედიცინის დოქტორი, პროფ. თამარ ვალიშვილი, დეპარტამენტში არსებობს შინაგანი მედიცინის, ქირურგიისა და გინეკოლოგიის მიმართულებები. აღნიშნულ მიმართულებებში აკადემიურ საქმიანობას ეწევა: 2 ემერიტუსი,4 პროფესორი,7 ასოცირებული პროფესორი, 5 ასისტენტ პროფესორი. გარდა ამისა, კლინიკური საგნების სწავლებაში აქტიურად არიან ჩართული დარგის წამყვანი სპეციალისტები ქალაქის ჰოსპიტალური სექტორიდან.
დეპარტამენტის მიზანია საგანმანათლებლო პროგრამის ფარგლებში მოამზადოს შესაბამისი აკადემიური ხარისხის მქონე სპეციალისტი, რომელსაც ექნება დარგობრივი საფუძვლიანი ცოდნა და სამკურნალო-პროფილაქტიკურ დაწესებულებებში მუშაობისათვის საჭირო ზოგად–კლინიკური უნარ-ჩვევები, ასევე მორალური ღირებულებებისა და ეთიკური პრინციპების სამედიცინო პრაქტიკაში გამოყენებისა და დაცვის უნარი.
საგანმანათლებლო პროგრამით გათვალისწინებული თეორიული და პრაქტიკული მეცადინეობების კურსის პარალელურად, რომელიც უნივერსიტეტში ხორციელდება, მედიცინის ფაკულტეტის სტუდენტები კლინიკურ სასწავლო კურსებს ეუფლებიან თანამედროვე ტექნიკით აღჭურვილ, მრავალპროფილიან კლინიკებში (სამედიცინო კორპორაცია „ევექსის“ ტრენინგ ცენტრი, დასავლეთ საქართველოს სამედიცინო ცენტრი, ქუთაისის რეფერალური ჰოსპიტალი, წმ. ნიკოლოზის ქირურგიული და ონკოლოგიური ცენტრი, თანამედროვე სამედიცინო ტექნოლოგიების დასავლეთის რეგიონალური ცენტრი, შპს „ბომონდი“, „№3 სამშობიარო სახლი“, შპს ცაგარეიშვილის სამედიცინო ცენტრი, საოჯახო მედიცინის ცენტრი, ქუთაისის №3 ბავშვთა პოლიკლინიკა).
კლინიკური უნარ-ჩვევების ათვისების მიზნით ფაკულტეტზე შექმნილია თანამედროვე მულაჟებით აღჭურვილი სიმულაციური ცენტრი, სადაც მიმდინარეობს სტუდენტისთვის ბაზისური კლინიკური უნარ-ჩვევების, მანიპულაციების ჩატარების ტექნიკის სწავლების უზრუნველყოფა მანეკენებსა და სიმულატორებზე კლინიკური შემთხვევების განხილვის პროცესში.