აგრარული ფაკულტეტის აგროინჟინერიის დეპარტამენტი სამართალმემკვიდრეა საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის ინსტიტუტის მექანიზაციის ფაკულტეტისა და ამაყობს მისი აღზრდილი და სხვადასხვა დროს აქვე მოღვაწე საქვეყნოდ ცნობილი მეცნიერებით: აკადემიკოსები: შალვა კერესელიძე, ნოდარ გაბუნია, რევაზ მახარობლიძე, ჯემალ კაციტაძე; პროფესორები: სიმონ ჩოჩია, გივი დოლიძე, ვახტანგ ჭიჭინაძე, ოთარ იამანიძე, მერაბ გოგიშვილი, რანი ჭაბუკიანი, ნუგზარ ებანოიძე, ავთანდილ ბერეჩიკიძე, თამაზ ცანავა, ავთანდილ ხელაძე და სხვები.
საქართველოში დაწყებულ განათლების რეფორმასთან დაკავშირებით «უმაღლესი განათლების კანონის» შესაბამისად ყოფილ საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის სახელმწიფო უნივერსიტეტში 2006 წელს ჩამოყალიბდა სოფლის მეურნეობის მექანიზაციისა და სატრანსპორტო გადაზიდვების დეპარტამენტი (ბრძ. №151, 3.03.2006წ). რომელშიც გაერთიანდა რვა კათედრა. დაარსების დღიდან დეპარტამენტს ხელმძღვანელობდნენ: ასოც. პროფ. ფრიდონ ხუჭუა, მისი გარდაცვალების შემდეგ პროფ. ავთანდილ ბერეჩიკიძე და ასოც. პროფ. მაყვალა გოგაძე. 2011 წლიდან აწსუ-ს ფარგლებში შეიქმნა აგრარული ფაკულტეტი და დეპარტამენტს ეწოდა აგროინჟინერიის დეპარტამენტი. მას დღემდე ხელმძღვანელობს ასოც. პროფ. სოსო თავბერიძე.
აგროინჟინერიის დეპარტამენტის საქმიანობა მიმართულია ფაკულტეტზე მოქმედი საგანმანათლებლო პროგრამების მაღალ დონეზე განხორციელებისაკენ, რაც გულისხმობს სასწავლო პროცესის დახვეწას, სამეცნიერო-კვლევითი და სასწავლო ლაბორატორიების შექმნას და სრულყოფას, აგრეთვე მეთოდური და სასწავლო ლიტერატურის შექმნას, სტუდენტებში აღმზრდელობით მუშაობასა და აკადემიური პერსონალის სამეცნიერო-კვლევითი საქმიანობას.
დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანაა: სწავლების პროცესში გამოიყენოს და დანერგოს თანამედროვე სასწავლო პროგრამები, რომლებიც განაპირობებენ მაღალკვალიფიციური, კონკურენტუნარიანი სპეციალისტების მომზადებას. ამასთან, დეპარტამენტი ორიენტირებულია სასწავლო პროგრამების შესაბამისად ინფრასტრუქტურის განვითარებაზე და სპეციალობით გათვალისწინებული პრაქტიკების მაღალ დონეზე ჩატარებაზე. ამ მიზნით დეპარტამენტი უნივერსიტეტის მხარდაჭერით ამყარებს კავშირებს სხვადასხვა სასწავლო-კვლევით დაწესებულებებთან და კერძო საწარმოებთან, სახელმწიფო სტრუქტურებთან, რაც ხელს უწყობს ისეთი პროფესიონალი კადრების აღზრდას, რომელიც დააკმაყოფილებს შრომითი ბაზრის მოთხოვნებს.