აგრონომიულ მეცნიერებათა დეპარტამენტი სამართალმემკვიდრეა აგრობიოლოგიურ მეცნიერებათა დეპარტამენტის, რომელიც შეიქმნა 2006 წლის 1 მარტს საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის სახელმწიფო უნივერსიტეტში 5 კათედრის შემადგენლობით: “ბოტანიკის, მცენარეთა ფიზიოლოგიისა და მიკრობიოლოგიის”, “ნიადაგმცოდნეობისა და სასოფლო_სამეურნეო მელიორაციის”, “მემცენარეობის, გენეტიკისა და სელექციის”, “აგროქიმიის და ზოგადი მიწათმოქმედების”, “მცენარეთა დაცვის”. დეპარტამენტი დაკომპლექტდა თორმეტი თანამშრომლით: სამი პროფესორი, ორი ასოცირებული პროფესორი, ოთხი ასისტენტ პროფესორი და ორი ლაბორანტი.
დეპარტამენტში ფუნქციონირებდა ხუთი ლაბორატორია: 1) სელექცია გენეტიკის; 2) მიწათმოქმედება და აგროქიმიის; 3) ნიადაგმცოდნეობისა, ნიადაგის კამერალური დამუშავების”, ბუნებათსარგებლობისა და სასოფლო-სამეურნეო მელიორაციის 4) მცენარეთა დაცვის.
2011 წელს საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის სახელმწიფო უნივერსიტეტის აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივერსიტეტთან შეერთების შემდეგ დეპარტამენტმა ფუნქციონირება განაგრძო “აგრონომიულ მეცნიერებათა დეპარტამენტის” სახელწოდებით .
ამჟამად დეპარტამენტი დაკომპლექტებულია 2 პროფესორით, 6 ასოცირებული პროფესორით, 1 ასისტენტ-პროფესორით და 2 ლაბორანტით. პროგრამის განსახორციელებლად მოწვეულია 3 სპეციალისტი. დეპარტამენტი ანხორციელებს შემდეგ საგანმანათლებდო პროგრამებს: საბაკალავრო პროგრამა “აგრონომია” – ხელმძღვანელი პროფესორი როზა ლორთქიფანიძე, სამაგისტრო პროგრამებს: “აგროეკოლოგია” – ხელმძღვანელი პროფესორი როზა ლორთქიფანიძე და “სუბტროპიკული კულტურების სელექცია” – ხელმძღვანელი პროფესორი ვახტანგ ქობალია; სადოქტორო პროგრამას “აგრონომია” (5 მოდულით: აგროეკოლოგია, აგროტექნოლოგია, მცენარეთა დაცვა, მცენარეთა სელექცია, საბაღო-საპარკო მეურნეობა) -– ხელმძღვანელი პროფესორი როზა ლორთქიფანიძე. დამატებითი მინორ პროგრამა “აგროეკოლოგია” – ხელმძღვანელი ასოცირებული პროფესორი ნუნუ ჩაჩხიანი-ანასაშვილი.
დეპარტამენტში ფუნქციონირებს 4 სასწავლო ლაბორატორია: “ნიადაგთმცოდნეობის, მელიორაციისა და აგროეკოლოგიური მონიტორინგის”, მიწათმოქმედებისა და აგროქიმიის” და “მცენარეთა დაცვის”. დეპარტამენტი ანხორციელებს სამეცნიერო საქმიანობას საგრანტო პროექტების სახით ნოსირის სასწავლო მეურნეობაში.გამოქვეყნებულია მრავალი სამეცნიერო პუბლიკაცია და ნაშრომი.