აგრარული ფაკულტეტი აწსუ–ში ჩამოყალიბდა 2011 წლის იანვარში ყოფილი საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ბაზაზე.( სუბტროპიკული მეურნეობის სოხუმის სახელმწიფო სასწავლო უნივერსიტეტის რეორგანიზაციის შედეგად აკაკი წერეთლის სახელმწიფო უნივერსიტეტთან მიერთების გზით),
აგრარული ფაკულტეტი შეიქმნა რეორგანიზებულ უნივერსიტეტში არსებული ფაკულტეტების: “სუბტროპიკული მეურნეობისა და ლანდშაფტური არქიტექტურის” და “სუბტროპიკული კულტურების მექანიზაციისა და ტექნოლოგიის”– შეერთების შედეგად. ამ მომენტამდე ფაკულტეტმა განვლო მეტად რთული, მტკივნეული, მაგრამ ღირსეული და სახელოვანი გზა. ეს გზა დაწყო XX საუკუნის მეორე ნახევარში, როცა საქართველოსთვის საჭირო გახდა სუბტროპიკული მეურნეობის დარგის განვითარებისათვის სათანადო ცოდნით აღჭურვილი სპეციალისტების მომზადება. ფაკულტეტის ფესვები კი მოდის თბილისიდან, როცა 1929 წელს, თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის აგრონომიული ფაკულტეტის ბაზაზე დაარსდა სასოფლო–სამეურნეო ინსტიტუტი.
1933–1934 სასწავლო წელს საქართველოს სასოფლო სამეურნეო ინსტიტუტში შეიქმნა სუბტროპიკული მეურნეობის ფაკულტეტი. შემდგომ კი , რადგანაც სუბტროპიკული სოფლის მეურნეობა ძირითადად წარმოდგენილი იყო დასავლეთ საქართველოს ტერიტორიაზე, ამ ფაკულტეტის ბაზაზე ქ. ქუთაისში 1952 წლის 26 იანვარს (მინისტრთა საბჭოს დადგენილება #481) ჩამოყალიბდა ქუთაისის სასოფლო–სამეურნეო ინსტიტუტი, რომელსაც ყოველწლიური მიღების კონტიგენტით 400 კაცი გადაეცა შემდეგი ფაკულტეტები:
1.სუბტროპიკული მეურნეობის (სპეციალობებით :“სუბტროპიკული მეურნეობა” და “დეკორაციული მებაღეობა”)
2. სუბტროპიკული მეურნეობის მექანიზაცია;
3. ხილის, ბოსტნეულის და სუბტროპიკული კულტურების ტექნოლოგია
4. მეაბრეშუმეობა.
საქართველოს მთავრობის 1959 წლის 11 აპრილის (# 282) დადგენილებით ქუთაისის სასოფლო–სამეურნეო ინსტიტუტი, სუბტროპიკული კულტურების გავრცელების ძირითად ზონასთან მიახლოების მიზნით, გადატანილი იქნა ქ. სოხუმში და მას ეწოდა საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის ინსტიტუტი.
ქ. სოხუმში ინსტიტუტი ფუნქციონირებდა 1993 წლის სექტემბრამდე.(ამ პერიოდამდე მისი რექტორები იყვნენ: გიორგი გოლეთიანი ( 1952–1957); ივანე გიორგბერიძე (1957– 1973); რევაზ ჩხაიძე (1973–1975); ნაპოლეონ ქარქაშაძე (1975–1990); ვახტანგ ფრუიძე (1990–1997).
1992–1993წ.წ. აფხაზეთში დატრიალებული ტრაგედიის შედეგად უმაღლესი სასწავლებელი დევნილის სტატუსით აღმოჩნდა ქ. ქუთაისში, სადაც მან 1993 წლის 19 დეკემბერს აღადგინა სასწავლო პროცესი რექტორის პროფ.ვახტანგ ფრუიძის ხელმძღვანელობით. თავისი სიტყვა თქვა ინსტიტუტის მონოლითურად შეკრულმა კოლექტივმაც, რომელმაც უმოკლეს ვადაში შეძლო ფაკულტეტების და კათედრების ფუნციონირების ორგანიზება და უკვე 1996 წლიდან დაიწყო სრულფასოვანი სასწავლო პროცესი.
1997–2005წ.წ. ინსტიტუტს და შემდეგ უნივერსიტეტს (2003 წელს საქართველოს პრეზიდენტის ბრძანებით (#107) სუბტროპიკული მეურნეობისათვის მაღალკვალიფიციური კადრების აღზრდის საქმეში დიდი წვლილისა და საიუბილეო თარიღთან დაკავშირებით (50წელი) ინსტიტუტს მიენიჭა უნივერსიტეტის სტატუსი) ხელმძღვანელობდა პროფესორი გურამ კილასონია. უნივერსიტეტში მოქმედებდა სტუდენტთა სამეცნიერო საზოგადოება და 6 ფაკულტეტი: სუბტროპიკული აგრობიზნესის; სოფლის მეურნეობის მექანიზაციის; სოფლის მეურნეობის პროდუქტთა ტექნოლოგიის; ეკონომიკის; ტურიზმისა და საკურორტო სერვისის; საზოგადოებრივი პროფესიების.
1963–2006წ.წ უნივერსიტეტში ფუნქციონირებდა თავდაპირველად სსრკ უმაღლესი საატესტაციო კომისიის, ხოლო შემდეგ საქართველოს, სადისერტაციო საბჭო, რომელზეც დაცული 670 დისერტაციიდან 107 წარდგენილი იყო მეცნიერებათა დოქტორის სამეცნიერო ხარისხის მოსაპოვებლად.
2005–2008წწ. საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის სახელმწიფო უნივერსიტეტს ხელმძღვანელობდა პროფესორი ნუგზარ ებანოიძე, ხოლო 2008 წლიდან აწსუ–თან მიერთებამდე მისი რექტორი იყო პროფესორი როლანდ კოპალიანი.
2011–2014 წწ. აგრარული ფაკულტეტს, როგორც აწსუ სტრუქტურულ ერთეულს, ხელმძღვანელობდა პროფესორი რამაზ კილაძე, ხოლო 2014 წ–დან დღემდე ფაკულტეტის დეკანია პროფესორი ქეთევან კინწურაშვილი.
აგრარული ფაკულტეტი ახორციელებს უმაღლესი განათლების ყველა საფეხურის და პროფესიული განათლების რამდენიმე პროგრამას, კომპეტენციის ფარგლებში თანამშრომლობს ყველა დაინტერესებულ ორგანიზაციასთან, თუ კერძო სექტორთან და სტუდენტზე ორიენტირებული სასწავლო გარემოს შექმნით უზრუნველყოფს მაღალკვალიფიციური სპეციალისტების მომზადებას.
აგრარული ფაკულტეტი შეიქმნა რეორგანიზებულ უნივერსიტეტში არსებული ფაკულტეტების: “სუბტროპიკული მეურნეობისა და ლანდშაფტური არქიტექტურის” და “სუბტროპიკული კულტურების მექანიზაციისა და ტექნოლოგიის”– შეერთების შედეგად. ამ მომენტამდე ფაკულტეტმა განვლო მეტად რთული, მტკივნეული, მაგრამ ღირსეული და სახელოვანი გზა. ეს გზა დაწყო XX საუკუნის მეორე ნახევარში, როცა საქართველოსთვის საჭირო გახდა სუბტროპიკული მეურნეობის დარგის განვითარებისათვის სათანადო ცოდნით აღჭურვილი სპეციალისტების მომზადება. ფაკულტეტის ფესვები კი მოდის თბილისიდან, როცა 1929 წელს, თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის აგრონომიული ფაკულტეტის ბაზაზე დაარსდა სასოფლო–სამეურნეო ინსტიტუტი.
1933–1934 სასწავლო წელს საქართველოს სასოფლო სამეურნეო ინსტიტუტში შეიქმნა სუბტროპიკული მეურნეობის ფაკულტეტი. შემდგომ კი , რადგანაც სუბტროპიკული სოფლის მეურნეობა ძირითადად წარმოდგენილი იყო დასავლეთ საქართველოს ტერიტორიაზე, ამ ფაკულტეტის ბაზაზე ქ. ქუთაისში 1952 წლის 26 იანვარს (მინისტრთა საბჭოს დადგენილება #481) ჩამოყალიბდა ქუთაისის სასოფლო–სამეურნეო ინსტიტუტი, რომელსაც ყოველწლიური მიღების კონტიგენტით 400 კაცი გადაეცა შემდეგი ფაკულტეტები:
1.სუბტროპიკული მეურნეობის (სპეციალობებით :“სუბტროპიკული მეურნეობა” და “დეკორაციული მებაღეობა”)
2. სუბტროპიკული მეურნეობის მექანიზაცია;
3. ხილის, ბოსტნეულის და სუბტროპიკული კულტურების ტექნოლოგია
4. მეაბრეშუმეობა.
საქართველოს მთავრობის 1959 წლის 11 აპრილის (# 282) დადგენილებით ქუთაისის სასოფლო–სამეურნეო ინსტიტუტი, სუბტროპიკული კულტურების გავრცელების ძირითად ზონასთან მიახლოების მიზნით, გადატანილი იქნა ქ. სოხუმში და მას ეწოდა საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის ინსტიტუტი.
ქ. სოხუმში ინსტიტუტი ფუნქციონირებდა 1993 წლის სექტემბრამდე.(ამ პერიოდამდე მისი რექტორები იყვნენ: გიორგი გოლეთიანი ( 1952–1957); ივანე გიორგბერიძე (1957– 1973); რევაზ ჩხაიძე (1973–1975); ნაპოლეონ ქარქაშაძე (1975–1990); ვახტანგ ფრუიძე (1990–1997).
1992–1993წ.წ. აფხაზეთში დატრიალებული ტრაგედიის შედეგად უმაღლესი სასწავლებელი დევნილის სტატუსით აღმოჩნდა ქ. ქუთაისში, სადაც მან 1993 წლის 19 დეკემბერს აღადგინა სასწავლო პროცესი რექტორის პროფ.ვახტანგ ფრუიძის ხელმძღვანელობით. თავისი სიტყვა თქვა ინსტიტუტის მონოლითურად შეკრულმა კოლექტივმაც, რომელმაც უმოკლეს ვადაში შეძლო ფაკულტეტების და კათედრების ფუნციონირების ორგანიზება და უკვე 1996 წლიდან დაიწყო სრულფასოვანი სასწავლო პროცესი.
1997–2005წ.წ. ინსტიტუტს და შემდეგ უნივერსიტეტს (2003 წელს საქართველოს პრეზიდენტის ბრძანებით (#107) სუბტროპიკული მეურნეობისათვის მაღალკვალიფიციური კადრების აღზრდის საქმეში დიდი წვლილისა და საიუბილეო თარიღთან დაკავშირებით (50წელი) ინსტიტუტს მიენიჭა უნივერსიტეტის სტატუსი) ხელმძღვანელობდა პროფესორი გურამ კილასონია. უნივერსიტეტში მოქმედებდა სტუდენტთა სამეცნიერო საზოგადოება და 6 ფაკულტეტი: სუბტროპიკული აგრობიზნესის; სოფლის მეურნეობის მექანიზაციის; სოფლის მეურნეობის პროდუქტთა ტექნოლოგიის; ეკონომიკის; ტურიზმისა და საკურორტო სერვისის; საზოგადოებრივი პროფესიების.
1963–2006წ.წ უნივერსიტეტში ფუნქციონირებდა თავდაპირველად სსრკ უმაღლესი საატესტაციო კომისიის, ხოლო შემდეგ საქართველოს, სადისერტაციო საბჭო, რომელზეც დაცული 670 დისერტაციიდან 107 წარდგენილი იყო მეცნიერებათა დოქტორის სამეცნიერო ხარისხის მოსაპოვებლად.
2005–2008წწ. საქართველოს სუბტროპიკული მეურნეობის სახელმწიფო უნივერსიტეტს ხელმძღვანელობდა პროფესორი ნუგზარ ებანოიძე, ხოლო 2008 წლიდან აწსუ–თან მიერთებამდე მისი რექტორი იყო პროფესორი როლანდ კოპალიანი.
2011–2014 წწ. აგრარული ფაკულტეტს, როგორც აწსუ სტრუქტურულ ერთეულს, ხელმძღვანელობდა პროფესორი რამაზ კილაძე, ხოლო 2014 წ–დან დღემდე ფაკულტეტის დეკანია პროფესორი ქეთევან კინწურაშვილი.
აგრარული ფაკულტეტი ახორციელებს უმაღლესი განათლების ყველა საფეხურის და პროფესიული განათლების რამდენიმე პროგრამას, კომპეტენციის ფარგლებში თანამშრომლობს ყველა დაინტერესებულ ორგანიზაციასთან, თუ კერძო სექტორთან და სტუდენტზე ორიენტირებული სასწავლო გარემოს შექმნით უზრუნველყოფს მაღალკვალიფიციური სპეციალისტების მომზადებას.